Il Vangelo di Tommaso ha un valore storico e teologico inestimabile perché presenta straordinarie affinità con il coevo racconto di Giovanni, l'evangelista dal linguaggio più esoterico e profondo. Come mai, allora, il Vangelo di Giovanni fu incluso nel Nuovo Testamento, insieme a quelli di Matteo, Marco e Luca e alle lettere di Paolo, mentre i "detti segreti" di Tommaso furono condannati alla distruzione.
Elaine Pagels, una delle maggiori storiche della cristianità, istituisce un appassionato confronto storico e filologico fra il Vangelo di Tommaso (di cui fornisce una nuova traduzione) e quello di Giovanni, proponendo una nuova chiave di lettura di pagine di storia cristiana rimaste troppo a lungo celate.